The Tor Project, Inc, werd in 2006 een 501(c)(3) non-profit organisatie, maar het idee van "onion routing" ontstond in het midden van de jaren 1990.

Net als Tor-gebruikers zijn de ontwikkelaars, onderzoekers en oprichters die Tor mogelijk hebben gemaakt een groep van diverse mensen. Maar alle mensen die bij Tor betrokken zijn, hebben een gezamenlijke overtuiging: internetgebruikers zouden privétoegang tot een ongecensureerd web moeten hebben.

Het gebrek aan beveiliging op het internet en de mogelijkheid ervan om anderen te volgen en toezicht te houden werd in de jaren 90 duidelijk. In 1995 vroegen David Goldschlag, Mike Reed en Paul Syverson bij het U.S. Navel Research Lab (NRL) zichzelf af of er een manier bestaat om internetverbindingen te maken die niet onthullen wie er met wie communiceert, zelfs bij iemand die het netwerk bewaakt. Hun antwoord was het creëren en implementeren van de eerste onderzoeksontwerpen en prototypen van onion routing.

Het doel van onion routing was een mogelijkheid te hebben om het internet te gebruiken met zoveel mogelijk privacy, en het idee was het verkeer via meerdere servers te routeren en bij elke stap te versleutelen. Dit is nog altijd een simpele uitleg van hoe Tor vandaag de dag werkt.

In de vroege jaren 2000 begon Roger Dingledine, een onlangs afgestudeerde van het Massachusetts Institute of Technology (MIT), aan een NRL onion routing-project te werken met Paul Syverson. Om dit oorspronkelijke werk bij NRL te onderscheiden van andere inspanningen omtrent onion routing die op andere plaatsen begonnen op te duiken, belde Roger met het project Tor, wat stond voor The Onion Routing. Kort daarna sloot Nick Mathewson, een klasgenoot van Roger bij MIT, zich aan bij het project.

Vanaf het begin in de 1990s, was onion routing ontworpen om te steunen op een gedecentraliseerd netwerk. Het netwerk moest worden beheerd door entiteiten met uiteenlopende belangen en vertrouwensverwachtingen, en de software moest vrij en open zijn om de transparantie en decentralisatie te maximaliseren. Dat is de reden waarom in oktober 2002, toen het Tor-netwerk oorspronkelijk werd ingezet, de broncode ervan werd gereleased onder een vrije en open-softwarelicentie. Aan het einde van 2003 had het netwerk ongeveer een dozijn vrijwilliger-nodes, vooral in de VS, en één in Duitsland.

De Electronic Frontier Foundation (EFF) erkende het voordeel van Tor voor digitale rechten en begon in 2004 met de financiering van Roger's en Nick's werk aan Tor. In 2006 werd het Tor Project, Inc. opgericht, een 501(c)(3) non-profit organisatie, om de ontwikkeling van Tor in stand te houden.

In 2007 begon de organisatie met het ontwikkelen van bruggen voor het Tor-netwerk om oplossingen te bieden tegen censuur, zoals firewalls opgezet door overheden, zodat gebruikers toegang tot het open web kunnen behouden.

Tor begon populair te worden bij activisten en technologie-georiënteerde gebruikers die geïnteresseerd waren in privacy, maar nog altijd was het moeilijk te gebruiken door minder technologiebekwame personen. Daarom begon in 2005 de ontwikkeling van hulpmiddelen die verder gaan dan waarmee de Tor-proxy was begonnen. Ontwikkeling van Tor Browser begon in 2008.

Omdat Tor Browser Tor meer toegankelijk heeft gemaakt voor gewone internetgebruikers en activisten, is Tor sinds het einde van 2010 een essentieel hulpmiddel geweest bij de Arabische Lente. Het beschermde niet alleen de identiteit van mensen online, maar het gaf hen ook toegang tot essentiële bronnen, sociale media en websites die toen waren geblokkeerd.

De noodzaak voor hulpmiddelen die bescherming bieden tegen massatoezicht werden een maatschappelijke zorg dankzij de onthullingen van Snowden in 2013. Niet alleen was Tor instrumenteel voor Snowden bij het luiden van de klokken, maar de inhoud van de documenten gaf ook extra zekerheden dat Tor op dat moment niet kon worden gekraakt.

De bewustwording van volgen, toezicht en censuur is onder het algemeen publiek wel toegenomen, maar ook het overwicht van hindernissen omtrent internetvrijheid is toegenomen. Tegenwoordig heeft het netwerk duizenden relays die door vrijwilligers en miljoenen gebruikers wereldwijd worden beheerd. Het is deze diversiteit die Tor-gebruikers veilig houden.

Wij bij het Tor Project vechten elke dag en voor iedereen om privétoegang tot het ongecensureerde internet. Tor is 's werelds sterkste hulpmiddel voor privacy en internetvrijheid online geworden.

Maar Tor is meer dan alleen software. Het is arbeid en liefde, opgeleverd door een internationale gemeenschap van aan mensenrechten toegewijde personen. Het Tor Project is ten zeerste toegewijd aan transparantie en de veiligheid van haar gebruikers.